Родился 31 января в 1939 года в посёлке Питляр Шурышкарского района в семье хантыйского рыбака.
После окончания школы поступил в Салехардское национальное педагогическое училище. Окончив училище в 1958 году, Роман Ругин продолжил обучение в Ленинградском педагогическом институте им. А. И. Герцена на факультете народов Севера. Здесь началась его литературная деятельность. Окончив в 1964 году институт, преподавал литературу в Восяховской восьмилетней школе Шурышкарского района, был завучем, а потом и директором школы.
Приехав в Салехард, Роман Прокопьевич работал преподавателем истории и хантыйского языка в Салехардском национальном педагогическом училище, старшим методистом окружной агитбригады, инструктором Ямало-Ненецкого окружкома, секретарём райкома партии, инженером по охране окружающей среды в тресте «Ямалнефтегазгеология».
Но своё основное призвание Роман Прокопьевич Ругин видел в творчестве. Его первая книга стихов «Лыланг ик» («Живая вода») вышла в 1963 году на родном хантыйском языке. Затем последовали сборник рассказов «Погоня» (1965) и сборник стихов на русском языке «Снежные мелодии» (1975). Очередная книга стихов «Метель на ладони» на языке ханты вышла в 1982 году, на русском — в 1986 году. Далее в свет вышли книги «Солнце над снегами (1986), поэтический сборник «Звон летящего аркана» (1987), книга повестей «Ранний ледостав» (1988) и «В ожидании сына» (1990). Книги стихов и сборники прозы ритмично чередовались в творчестве Р. П. Ругина, и в обеих сферах — лирической и прозаической — он проявился одинаково активно и талантливо. Из более поздних книг писателя следует отметить «Многодумную Обь» (1993) и «Снежную державу» (1998), а также большую поэму «Огнедышащий край».
В городе Екатеринбурге вышло трёхтомное собрание сочинений «Сорок северных ветров», «Мелодии полярного круга» и «Волшебная земля» (1996−1997). В 2001 году вышла в свет книга прозы «Избранное», открывшая серию «Библиотека писателей Ямала», в 2003-м — «Легенды и мифы народа ханты», в 2004-м — «Избранные стихи».
Произведения Романа Ругина печатались во многих российских журналах: «Дружба народов», «Москва», «Нева», «Октябрь», «Аврора», «Урал», «Уральский следопыт», «Сибирские огни», «Север», а также во многих коллективных сборниках и антологиях. Большое внимание в своём творчестве автор уделял мифологии народа ханты. Отдельные стихи и проза ямальского автора переведены на финский, эстонский, французский, итальянский, венгерский, чешский, испанский, польский и английский языки.
В 1975 году произведения Р. Ругина включены в «Антологию литератур уральских народов», он автор школьных учебников на языке ханты. Два его стихотворения вошли в антологию мировой поэзии.
Писатель активно сотрудничал с ямальскими и российскими композиторами округа, многие его стихи положены на музыку. Роман Ругин — автор более 30 книг стихов и прозы.
В 1992 году Р. П. Ругин создал и возглавил историко-культурный научно-популярный журнал «Ямальский меридиан». С января 2008 года редакция журнала вошла в состав ГУ «Северное издательство».
В 1988 году удостоен звания лауреата литературной премии Союза писателей России (СССР) «За прозу последних лет». Лауреат премии Союза писателей РСФСР (1990). Награждён медалью Ордена «За заслуги перед Отечеством 2-й степени» (1999). Обладатель звания «Легенда СМИ Ямала» (2007). Удостоен звания лауреата Всероссийской литературной премии им. Д. Н. Мамина-Сибиряка за заслуги перед литературой (2010).
Член Союза писателей России. В 1989 году Р. П. Ругин избран народным депутатом СССР и членом последнего Верховного Совета СССР. Почётный гражданин г. Салехарда (2000) и Ямало-Ненецкого автономного округа (2005). Заслуженный работник культуры Российской Федерации (2001).